熱帯農学研究センターは、これまで熱帯・亜熱帯の諸課題について、国際共同研究やJICAプロジェクトを企画・実施し、学内の諸部局との調整を図ると同時に、留学生や研修生の受入をすすめてきた。当センターは学内共同利用施設であり、これまで上記の中期目標・中期計画の骨子に沿って、農学研究院のみならず、比較社会文化研究院、芸術工科研究院、理学研究院等、幅広い分野と連携し、教育・研究・社会貢献の面で本学の国際化に貢献してきた。しかし、国立大学法人となって以来、当該センターが関わる受託型のプロジェクトが増加し、それらは比較的短期間かつ小規模で、内容も多様化・細分化していることから、実施に際してセンターの負担が増加している。
一方、開発途上国からの留学生や研究生の需要は増大し、本センターでの国際教育に係る受入れ体制が限界となっている。本センターが地球規模の環境問題・食糧問題など熱帯を対象とする主要な研究センターとして活動を維持するには、本センターの整備、すなわち教員数・部門数の拡充が必要である。そのため、本センターの内部構成を再編成し、国際開発部門を新設し、国際開発の研究を行うとともに、関連機関とネットワークを構築して情報発信機能を強化し、もって今後の本センター活動の活性化を図る必要がある。
現在、熱帯農学研究センターは、2部門であるが、国際研究を、「現地ニーズに即したフィールド研究を現地で実施」のコンセプトのもとに、海外拠点を中心に推進する。また、国際開発部門を新たに設けて、海外大学との連携を図り、大型競争的資金を精力的に獲得する。したがって、新組織は、熱帯作物・環境部門、地水・環境保全部門、国際開発部門の３部門とする。
また、本センターのメンバーも一部、国際農業教育・研究推進機構に兼任で参画して、アジアをリードする諸活動を展開する（図2参照）。