単位名:農業生物資源学特論第五
講 師:三中信宏(独立行政法人農業環境技術研究所)
期 間:2014年2月3日~5日
場 所:箱崎キャンパス 農学部1号館3階307
http://www.kyushu-u.ac.jp/access/map/hakozaki/hakozaki.html
(地図中の63/64です)
講義内容:生物体系学を中心にテーマとして,分子系統学と形態測定学について講義し,必要に応じて生物統計学の内容を盛り込む.受講生が持参するPCを用いて,系統推定の実習を行なう.使用予定のソフトウェアは,MEGA, MrBayes, TNT, R.
[ お願い ] この集中講義では、各自がノートパソコンを使った実習も行いますので、ノートパソコンを持参してください。
三中先生より、集中講義のタイムテーブル・使用ソフトウェア・ハンドアウト類のお知らせがあります。
受講者の皆さんは、1) 使用ソフトウェアの事前インストール、 2) 講義ハンドアウト(pdf)のダウンロード、を事前にしておいてください
つきましては、お手数ですが、事前に受講人数を把握したいので、受講希望者は紙谷へ1月17日(金)までご連絡するよう周知していただけないでしょうか(席に余裕があれば、事前連絡なしでも受講可能です)
タイムテーブル
●2014年2月3日(月)9:30〜17:00
09:30〜10:30 系統推定論概論:系統樹による多様性情報の可視化
10:40〜12:00 ソフトウェアの導入と動作確認(MEGA, MrBayes, TNT, R, Mesquite)
13:30〜15:00 形質データ行列の作成と分岐分析の演習
15:30〜17:00 生物統計学概論(1):統計モデル選択と計算統計学
●2014年2月4日(火)9:30〜17:00
09:30〜10:30 分子系統学(1):配列のアラインメント
10:40〜12:00 分子系統学(2):分子進化の統計モデル
13:30〜15:00 距離法・最節約法・最尤法の演習
15:30〜17:00 形質進化解析:種間比較法・系統地理学・共進化
17:30〜19:00 「目で見る多様性の体系:分類と系統はどのように描かれてきたか?」
●2014年2月5日(水)9:30〜17:00
09:30〜10:30 生物統計学概論(2):ベイズ統計学
10:40〜12:00 ベイズ法の演習
13:30〜15:00 形態測定学概論:サイズとシェイプの多変量統計学
15:30〜17:00 形態測定学演習/総括
2. 使用ソフトウェア
下記のソフトウェアを講義中に使用しますので,受講予定者は事前にパソコンにインストールしてください(各 URL からインストーラーがダウンロードできます):
- MEGA: http://www.megasoftware.net/
- MrBayes: http://mrbayes.sourceforge.net/
- TNT: http://www.cladistics.org/tnt.html
- Mesquite: http://mesquiteproject.org/
- R: http://cran.r-project.org/
- RStudio: http://www.rstudio.com/
上記以外のソフトウェアについては,必要に応じてその場で無線LANからダウンロードするので,九大の学内LANあるいはWi-Fi接続できるようにパソコンの設定を確認してください.
【Mac OSX ユーザーへの注意】事前にパソコンに付随する「Reinstall Drive USB」などから〈X11 system〉をインストールしておいてください.X11 がないと R Commander が使用できなくなりますのでこの事前準備は必須です.
3. ハンドアウト類
講義で使用するハンドアウトはすべて pdf ファイルとして配布しますので,下記 URL からダウンロードして下さい:
- 生物体系学
- 生物体系学概論 http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/cladist/SystematicThinking2014.pdf
- 系統推定論の原理と方法 http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/cladist/PhylogenyEstimation2014.pdf
- 生物統計学
- 統計学的思考とは何か? http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/cladist/IntroductoryStatistics2014.pdf
- ベイズ統計学 http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/cladist/BayesianStatistics2014.pdf
- 形態測定学
- 参考文献リスト: